Existem diversos métodos para identificar os sítios de ligação para o docking. Quanto mais abordagens diferentes você combinar, mais convincente será o seu docking.

Primeiro método: docking cego (docking blind)

• Aqui, você vai rodar um docking cobrindo a proteína inteira​

• A partir desses resultados, você chega no sítio de ligação

• Com o sítio de ligação, você consegue rodar um docking direcionado (docking target)

Segundo método: buscar na bibliografia​​​

• Cheque se o sítio de ligação dessa proteína já foi identificado​

• Caso esse não seja o seu caso, use o BLAST para identificar uma proteína semelhante estruturalmente que já possa ter sido estudada

Terceiro método: use um software de predição​

• Existem softwares que calculam a probabilidade de possíveis sítios de ligação​

• Exemplos: fpocket, PrankWeb

De todo caso, uma vez identificado o sítio de ligação, entre no AutoDock 4 e abra a proteína:​​​

• Em Grid, selecione Grid Box​

• Vai aparecer uma "caixa"

• Cubra o seu sítio de ligação com essa caixa

• Vai aparecer, no painel da caixa, o centro e tamanho em cada dimensão

  • Use isso no arquivo de configuração do seu docking de múltiplos ligantes​