echo -e "\nEsse é um script para automatizar o processo de docking de múltiplos ligantes, usando o AutoDock Vina e o protocolo do Dr. Arman Firoz.\n\nPara o script funcionar, é necessário ter alguns arquivos no seu diretório:\n1. Os ligantes em .sdf, seja um arquivo do PubChem contendo todos os ligantes ou arquivos .sdf separados.\n2. Um arquivo da proteína em .pdbqt\n3. Um arquivo perl para o docking no AutoDock Vina no Linux\n4. O arquivo vina.exe\n"

read -p "Digite o nome do arquivo da proteína (adicione a extensão .pdb ou .pdbqt na resposta): " protein
read -p "Digite o nome do arquivo do script perl para docking (adicione a extensão .pl na resposta): " vinaperl

echo -e "\nVamos começar o processo do docking!\n"

mkdir -m 755 proteinfiles
mv $protein proteinfiles

read -p "Os ligantes já estão preparados para docking (y/n)? " ae1


if [[ ${ae1,,} = "y" ]]; then
   echo -e "\nEntendido!\n"
   read -p "Os nomes dos ligantes já estão listados em um arquivo .txt (y/n)? " ae11

elif [[ ${ae1,,} = "n" ]]; then
   echo -e "\nEtapa 1: Preparação dos ligantes\n"
   read -p "Os ligantes estão em um único arquivo .sdf do PubChem (y/n)? " ual

   if [[ ${ual,,} = "y" ]]; then
       read -p "Digite o nome do arquivo (adicione a extensão .sdf na resposta): " nomelseparar
       obabel -isdf $nomelseparar -osdf -O *.sdf --split
       rm $nomelseparar
       echo -e "\nO arquivo foi separado para cada ligante ter seu próprio arquivo com sucesso e foi removido em seguida.\n"
   elif [[ ${ual,,} = "n" ]]; then
       echo -e "\nEntendido, continuando a preparação dos ligantes\n"
   else
       echo -e "\nResposta inválida"
       exit
   fi

   obminimize -ff MMFF94 -n 1000 *.sdf
   echo -e "\nConvertendo os ligantes para o formato .pdbqt...\n"
   obabel -isdf *.sdf -opdbqt -O *.pdbqt
   echo -e "\nApagando os arquivos .sdf...\n"
   rm *.sdf
   echo -e "\nArquivos .sdf removidos com sucesso.\n"
   ae11="n"
else
   echo -e "\nResposta inválida"
   exit
fi

if [[ ${ae11,,} = "y" ]]; then
   echo -e "\nProsseguindo para a próxima etapa!\n"
elif [[ ${ae11,,} = "n" ]]; then
   mkdir -m 755 compounds
   mv *.pdbqt compounds
   echo -e "Criando um arquivo .txt com os nomes de todos os ligantes...\n"
   cd compounds
   ls >ligand.txt
   sed -i 's/ligand.txt//' ligand.txt

   cd ..
   mv compounds/* .
   rmdir compounds

        echo -e "\nArquivo com apenas os nomes dos ligantes foi criado com sucesso.\n\nProsseguindo para a próxima etapa!\n"

else
   echo -e "\nResposta inválida\n"
   exit
fi

mv proteinfiles/* .
rmdir proteinfiles

read -p "Você já possui o arquivo com as configurações para docking em .txt (y/n)? " ae3

if [[ ${ae3,,} = "y" ]]; then
        read -p "Digite o nome do seu arquivo com as configurações (com a extensão .txt): " confignome
   if [[ $confignome != "conf.txt" ]]; then
       mv $confignome conf.txt
   fi
   read -p "Você programou o arquivo com as configurações para ter um docking com quantas conformações? " conformacoes
   echo -e "\nProsseguindo para a próxima etapa!\n"

elif [[ ${ae3,,} = "n" ]]; then
        echo -e "\nEtapa 2: Arquivo conf.txt\n\nEm caso de decimais, por favor use ponto em vez de vírgula. Não responda com a unidade de medida, digite apenas o número para cada resposta.\n"
   read -p "Digite as coordenadas do centro x da grid: " centrox
   read -p "Digite as coordenadas do centro y da grid: " centroy
   read -p "Digite as coordenadas do centro z da grid: " centroz
   read -p "Digite o tamanho da dimensão x da grid em ångström: " sizex
   read -p "Digite o tamanho da dimensão y da grid em ångström: " sizey
   read -p "Digite o tamanho da dimensão z da grid em ångström: " sizez
   read -p "Digite o número de conformações desejado por ligante: " conformacoes
   read -p "Digite o intervalo de energia desejado: " range
   read -p "Digite a exaustividade desejada: " exaust

   touch conf.txt
   echo -e "receptor=$protein\n\ncenter_x = $centrox\ncenter_y = $centroy\ncenter_z = $centroz\n\nsize_x = $sizex\nsize_y = $sizey\nsize_z = $sizez\n\nnum_modes=$conformacoes\nenergy_range=$range\nexhaustiveness=$exaust" > conf.txt
   echo -e "\nArquivo com as configurações criado com sucesso!\n"
else
        echo -e "\nResposta inválida"
        exit
fi

read -p "O docking pode demorar consideravelmente (alguns dias) dependendo da quantidade de compostos, conformações e exaustividade. Tendo isso em vista, o docking pode começar (y/n)? " ae4

if [[ ${ae4,,} = "y" ]]; then
        echo -e "\nEntendido! Quando o programa pedir o nome do arquivo dos ligantes, digite ligand.txt (ou o nome desse arquivo caso você o tiver preparado antes com outro nome). Começando o docking!\n"
   perl $vinaperl/
   echo -e "\nDocking completo! Salvando os dados em um único arquivo de texto...\n"
   linenumber=$(($conformacoes + 2))
   tail -n$linenumber *.log > Resultados.txt
   echo -e "\nOs resultados do seu docking foram compilados no arquivo Resultados.txt, que você pode abrir no Excel, Google Sheets ou outro software para a análise dos dados.\n\nParabéns, você terminou todos os procedimentos da produção de dados do docking! Boa análise de dados!\n"
   exit
elif [[ ${ae4,,} = "n" ]]; then
        echo -e "\nQuando estiver pronto, use o script novamente pulando as etapas anteriores para começar o docking!\n"
   exit
else
        echo -e "\nResposta inválida"
        exit
fi